安徽省农业科学院烟草研究所于1947年建所，2005年所址由凤阳迁至合肥院本部，是全国成立较早的三个省级烟草所之一，承担着全省的烟草科学研究和技术服务工作，是安徽中烟公司及浙江、四川、云南、贵州等中烟公司的重要技术依托单位。2008年，安徽省实施“玉米振兴计划”，院整合玉米科研资源在烟草所成立了“安徽省农业科学院玉米研究中心”。经过多年的发展，烟草所已建设成为涵盖烟草和玉米两个学科、专业人才集中、技术储备雄厚、重点布局合理、科研和技术服务水平较高的省级综合性研究所。
截止2016底，全所在职职工73人，专业技术人员41人，其中，研究员8人，副研究员11人，助理研究员19人，博士11人，在读博士5人，硕士8人。设有办公室、科研管理科、烟草栽培研究室、烟草育种研究室、植物保护研究室、玉米种质资源研究室、玉米品种评价研究室、玉米栽培研究室、调制加工与综合利用研究室、实验中心等10个内设机构，拥有固定资产1000余万元，拥有大、中型仪器设备35台套，科研及办公用房2000余平米。在凤阳县、长丰岗集、阜南县和太和县以及海南省乐东县建成5个试验基地，面积达40公顷。保存玉米资源400余份，烟草种质资源800余份。
“十二五”以来，获得省部级一等奖1项;制定地方标准2项;申请新品种权10个，申请专利12件，其中，授权专利6件;在国家级刊物上发表学术论文68篇，其中，SCI/EI源收录期刊10篇;审(认鉴)定植物新品种11个，其中国审(认鉴)定烟草新品种3个，分别为安烟1、2、3号;省审(认鉴)定玉米新品种8个，分别是新安5、15、20、华安513、庐玉9104、9105、皖糯5号、皖甜210号等;其中普通玉米新品种“新安5号”、“华安513”、“新安15”、“新安20”先后分别以总价200万元、500万元、500万元、500万元的价格转让给安徽绿雨、安徽华安和荃银高科的欣隆等种业公司。
“十三五”，烟草所将按照“烟草、玉米双轮驱动，全面提升支撑安徽烟草、玉米两大专业学科发展水平”的总体思路，努力建成一流的现代科研院所。
