东北农业大学农学院成立于1996年，是东北农业大学骨干学院之一。农学院前身是1948年东北农学院建院时成立的三系之一 —— 农艺系(后改为农学系)，王金陵教授任首任系主任，招收农学专业(本科，四年制)学生。1956年增设了土地整理专业并招生。1958年2月，土地整理专业从农学系分出成立土地规划系。1958年农学系在农学专业基础上又增设了果蔬、植物保护、土壤农化3个专业并招生。1976年园艺专业从农学系分出，建立园艺系。1985年农学系增设农业教育专业专科三年，1988年省教委批复成立农业教育推广系，从农学系分出，开始单独招生。1989年，植保专业从农学系分出，建立了植保系。1990年，农学系在招收本科学生基础上，经省教委批准招收农学专业专科生(定向、有实践经验的)，至1995年最后一届招生。 1994年农学系设立农业环境保护专业并招生。1996年6月，学校决定由农学系、园艺系、植保系三系合并组建农学院。2000年10月，农学院又一分为三：园艺系分出建立园艺学院;土壤农化系、农业环保系、农业气象教研室、农业生态教研室、农业微生物教研室从农学院分出组建资源与环境学院;原隶属于农学院的实验站划分到学校，成立东北农业大学植物类实验实习基地。余下各系成立农学院，2003年设立生物技术(植物)专业，共招生5届，2009年成立种子科学与工程专业，2010年开始招收植物生产类拨尖人才培养班，2015年开设植物科学与技术专业。
农学院现有农学、植物保护、种子科学与工程、植物科学与技术4个系，农学、植物保护2个教学实验中心，院办公室和辅导员办公室。拥有大豆生物学教育部重点实验室、省部共建有害生物防治基础实验室、农业部北方大豆生物学与遗传育种重点实验室、农业部东北地区作物栽培科学观测实验站、植物科学与技术国家级实验教学示范中心、东北农业大学——黑龙江省农业科学院绥化分院农科教合作人才培养国家级大学生校外实践教育基地、黑龙江省寒地作物品种改良与生理生态重点实验室、黑龙江省农学实验教学示范中心、黑龙江水稻区域技术创新中心。农学院拥有校作物品质分析中心、大豆研究所、玉米研究所、水稻研究所、小麦研究所、马铃薯研究所、农药研究所、经济与杂粮作物研究中心。农学院是全国马铃薯专业委员会挂靠单位，《中国马铃薯》杂志承办单位和黑龙江省植物病理学会挂靠单位，国家农业部农药登记田间药效试验认证单位，农业部除草剂活性室内检测资质单位。
农学院拥有作物学博士点和植物保护硕士点省级重点一级学科，作物学下设作物遗传育种学、作物栽培学与耕作学、种子科学与工程、作物生理与生态4个二级学科和作物学博士后流动站。植物保护下设农业昆虫与害虫防治、植物病理学、农药学、杂草学4个二级学科。作物遗传育种学、作物栽培学与耕作学是二级博士点学科，其他均为硕士点学科。作物学是绿色食品生产与加工和新型农业装备制造产业黑龙江省重点学科群组成部分。作物遗传育种学、作物栽培学与耕作学、植物病理学、农业昆虫与害虫防治和农药学学科是黑龙江省省级领军人才梯队，作物遗传育种学科还是黑龙江省特聘教授岗位学科，2012年遴选为黑龙江省“535工程”第二层次省级领军人才梯队。
